Para poner un logo transparente en Prestashop debemos realizar la siguiente configuración:
En Calidad de la imagen seleccionar la opción Usar PNG si la imagen base está en formato PNG.
Así, evitaremos que Prestashop convierta cualquier imagen a JPG y mantendremos la transparencia.
Mil Gracias!!!! Me estaba volviendo loco con la dichosa transparencia.